Il culto del "Principe degli Apostoli" si ritiene essersi diffuso a Manduria sin dal primi tempi del Cristianesimo, forse dal 44 D. C., quando la tradizione vuole che il Santo sia sbarcato presso i lidi cittadini fermandosi anche nella città.
La chiesetta, al limite Nord-Occidentale della zona archeologica, pure nei pressi della mura messapiche si compone di un vano superiore cui corrisponde una cripta ipogea.
La struttura sotterranea, accessibile da una scala di gradini sembra riutilizzare in parte una preesistente tomba a camera di epoca classica, analogamente ai diversi esempi, nella stessa provincia di Taranto, di riuso di tombe antiche trasformate, in periodo medievale, in luoghi di culto "eremitici".
Nel caso di S. Pietro Mandurino sembrano deporre a favore la conformazione dell'accesso, subito al termine del dromos con la scala e,pur mal conservata, la decorazione a fasce rosse della volta della presumibile tomba. Il primitivo monumento classico, in cui si sarebbe da ravvisare l'unico esempio di tomba a camera componeva del dromos scalinato, di un piccolo corridoio coperto a semibotte e di un vano quadrangolare contrapposto.